比對2個.TXT檔案的程式(編號：6396)

有2個.TXT檔的資料進行比對,相同的放在原來的其中一個檔裡,
不同的則另開一個檔存放,問題是那2個 .TXT的資料量很大,
都在上千筆,甚至超過5000筆已上,本來我已寫好了,但由於
資料量實在很大,我的程式執行到一半就當了,
請問各位有什麼更好的辨法.真的非常急,謝謝!!